Nature發(fā)文揭示血清代謝物和腸道菌群的關系

以色列Weizmann科學院Eran Segal團隊的研究人員在Nature雜志在線發(fā)表了題為A reference map of potential determinants for the human serum metabolome的研究論文,首次系統(tǒng)揭示了血清代謝物和腸道菌群的關系。研究人員使用機器學習模型——梯度提升決策樹算法 (GBDT),在非靶向代謝組學檢測的1251種血清代謝物中,發(fā)現(xiàn)有182個代謝物的豐度變化可被腸道菌相關特征解釋,且檢測血清中的代謝物可更發(fā)映機體的飲食對菌群的影響。更有意義的是血檢菌群狀態(tài)和疾病顯著相關。例如英國Twins UK Registry1004名健康志愿者隊列的樣品數(shù)據(jù)和北歐IMI DIRECT cohort的245名2型糖尿病患者隊列顯示 (圖1),血清代謝物可準確反映腸道菌的狀態(tài)。

圖1. 在兩個獨立的隊列中驗證基于微生物組的代謝物預測

菌群功能血檢向臨床檢測轉化指日可待

更加有意義的是最近由倫敦國王學院和哈佛大學學和健康科學初創(chuàng)公司ZOE的研究人員共同完成發(fā)表在《nature medicine》基于1098例個體隊列糞便樣本宏基因組學和血清代謝組學的多中心國際研究顯示,相比糞便樣本,血液代謝組學研究可以更好的檢出可以進入循環(huán)系統(tǒng)并影響了宿主的健康和代謝水平的菌群相關代謝物;通過血清代謝物檢測可直接確定15種與多種常見疾病風險相關的腸道微生物在人體內的狀態(tài)。最重要的是通過前瞻性研究證實該血檢對因飲食控制引起的菌群變化均可準確反映,揭示了人體血液代謝組和腸道微生物多樣性之間的密切關系。這個研究在前期《Nature Biotechnology》雜志上發(fā)表的“Blood metabolome predicts gut microbiome α-diversity in humans”基礎上,對菌群功能血檢向臨床檢測轉化更近了一步。

腸道菌群在結直腸癌等疾病發(fā)生發(fā)展中的作用越來越受重視

腸道菌群的紊亂與一系列疾病密切相關,包括IBD,結直腸癌等。近期發(fā)表在nature上的一篇報道“Host variables confound gut microbiota studies of human disease.”表明,即使將諸如飲酒及排便質量等影響腸道菌群異質性的環(huán)境因素排除后,腫瘤與腸道菌群的改變仍具有緊密的相關性。而一系列的動物模型機制性研究及基于患病人群的組學研究發(fā)現(xiàn),在結直腸癌的發(fā)生和發(fā)展過程中,伴隨顯著的腸道菌群的改變,其中包括一系列促癌菌的富集,如具核梭桿菌,psk+ 大腸桿菌,及產腸毒素的脆弱擬桿菌等;以及抑癌菌如長雙歧桿菌豐度的降低。此外,基于特征腸道菌種特征構建模型也展示出對結直腸癌患者的判讀。因此,監(jiān)測腸道菌群狀態(tài)的改變對于結直腸癌發(fā)生的早期預警以及其他相關疾病的狀態(tài)具有重要意義。

圖2. 結直腸癌階段性發(fā)展過程中伴隨的菌群及代謝特征改變

國內血液代謝物預測腸道菌群技術探索

根據(jù)2020年10月,美國醫(yī)療保險和醫(yī)療補助服務中心(CMS)發(fā)布的備忘錄草案,描述了對于當前和未來基于血液的大腸癌篩查檢測產品的覆蓋標準:產品性能要同時滿足敏感性不低于74%,特異性不低于90%。目前國外許多公司如Freenome, Exact Sciences和Guardant Health投入了大量的資源開發(fā)液體活檢早篩產品,CMS對未來能夠獲得FDA批準的基于血液的生物標志物檢測產品保持開放態(tài)。如果這些液體活檢早篩產品能夠被FDA批準并獲得CMS報銷,那么將可能會搶占Exact Sciences現(xiàn)有的基于糞便的大腸癌篩查產品Cologuard的市場份額。

在對血清代謝物預測腸道菌群狀態(tài)來診斷早期風險的技術方向掃描后,發(fā)現(xiàn)除了中國藥科大學、中國科學院、山東省腫瘤醫(yī)院等科研或醫(yī)院研究外,國內已經有創(chuàng)業(yè)公司提前布局。北京中精普康醫(yī)藥科技有限公司基于自主知識產權研發(fā)的早長靜TM,通過對血清代謝物的質譜血檢,預測腸道菌群的健康狀態(tài),進而對相應疾病風險進行早期預警。其中,通過檢測腸道“促瘤菌群”和“抑瘤菌群”相關的特征性代謝產物在血清中的豐度變化,發(fā)現(xiàn)早期腸道腫瘤的特異性達到92%以上,使其有機會成為首個達到美國CMS結直腸腫瘤篩查標準的血檢產品。

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